Der seit 1243 überlieferte Wappenschild führte einen Apfel, aus dem wenig später drei Äpfel wurden. Das altdeutsche Wort für Apfelbaum heißt „apholdra“. Auf der Wappenvorlage der Forschungsbibliothek Gotha liegen sechs rote Äpfel mit grünem Stiel auf silbernem Grund. Der eigentlich metallgraue Helm trägt einen mit einem goldenen achtstrahligen Stern gefüllten roten Ring, der mit sechs silbernen Straußenfedern besteckt ist. Die Helmdecken sind rot-silbern. Der gut erhaltene Wappenstein ist 2010 mit einer heraldischen Farbfassung versehen worden, die jedoch von der Vorlage abweicht.

Das 1119 erstmals erwähnte Apolda, die heutige Kreisstadt des Landkreises Weimarer Land, wurde 1289 als Stadt bezeugt. Von der Burg als Mainzer Lehen – im Zusammenhang mit einem Wichmann von Abbolde als Ministeriale des Erzbistums Mainz – war erstmals 1123 die Rede. Sein ältester Sohn wurde Vicedominus, später Vitzthum, (was mit „zweiter Herr“ zu übersetzen ist) zu Erfurt. Das bedeutet, er war der Verwalter des Erzbistums Mainz über die Stadt. Seine vier weiteren Söhne hatten die vier Hofämter Schenk, Kämmerer, Marschall, Truchsess für den Sitz der Mainzer in Erfurt inne. Von diesen Hofämtern leitete sich 1252 unter anderem das Geschlecht der Schenke von Apolda ab. Diese saßen mit den Vitzthumen auf der Burg Apolda. Mit dem Abtreten der eigentlich den Mainzern gehörenden Lehnsrechte über die Herrschaft Apolda an die Wettiner als neue Oberlehnsherren wurde der Schenk Dietrich von Apolda 1347 zum wettinischen Ministeriale. Schon 1348 trat er das Lehen an die Vitztume ab und verkaufte ihnen auch Niederroßla, das die Schenken seit 1308 besaßen.

Ende des 14. Jahrhunderts starben die Schenken von Apolda aus. Der Kämmerer Dietrich IV. trug bereits 1189 Vitzthum (nicht „von“ Vitzthum) als Eigenname. 1249 erwarben sie Eckstedt, und ab 1296 tauchten auch die Vitzthume von Apolda in den Urkunden auf, so dass sich drei Linien der Vitzthume herausbildeten (von Eckstedt, von Roßla, von Apolda). Dietrich Vitzthum von Apolda war von 1343 bis 1352 Geheimer Rat der Wettiner und besaß die Burg Apolda von Friedrich dem Strengen zu Lehen. Apel Vitzthum von Apolda war 1378 Landvogt von Thüringen. Schon 1347 ist die Herrschaft Apolda als Lehen der Vitzthume eine selbstständige wettinische Verwaltungseinheit im Amt Weimar. Von 1348 bis zu ihrem Aussterben 1631 waren die Vitzthume von Apolda die Herren über Stadt und Herrschaft Apolda. Die Mainzer hielten bis 1666 ihre oberlehnsherrlichen Ansprüche gegen die Wettiner aufrecht. Infolge der Leipziger Teilung wurde die Herrschaft 1485 ernestinisch und kam damit später an das Herzogtum Sachsen-Weimar. Mit der endgültigen Übernahme der Herrschaft respektive des Amts Apolda durch die Ernestiner im Jahre 1631 hatte man einen Grund, das Wappen mit in die Ausgestaltung des Gothaer Schlosshofs aufzunehmen.