Die Hauptausstellung auf dem Petersberg bildet die Schau „Paradiesgärten – Gartenparadiese“ in der romanischen Peterskirche. Präsentiert werden Werke der Gartenkunst Thüringens vom Mittelalter bis zum 20. Jahrhundert. Die Architektur der Peterskirche umschließt gleichsam einer Einfriedung die in der Ausstellung gezeigten Gärten. So ist das Ausstellungsgebäude mit seiner jahrhundertealten Geschichte, seiner hohen künstlerischen Qualität und kulturhistorischen Bedeutung zugleich ein Hauptexponat der Ausstellung.
Am Beispiel der Gartenanlagen des untergegangenen Klosters St. Peter und Paul, von dem heute nur noch die Peterskirche steht, wird die mittelalterliche Gartenkultur behandelt. Die Außenanlagen des Klosters umfassten den Garten im Kreuzgang, Obst-, Gemüse-, Kräuter- und Weingärten sowie den Friedhof. Während im Mittelalter die Klöster bei der Förderung und Verbreitung der Gartenkultur führend waren, übernahmen die Fürstenhöfe seit der frühen Neuzeit diese Rolle. An den historischen Gärten und Parks in der Obhut der Stiftung Thüringer Schlösser und Gärten ist diese Entwicklung ablesbar. Im Gegensatz zu den mittelalterlichen Gärten sind die Park- und Gartenanlagen der Renaissance, des Barock und die Landschaftsgärten in ihrem Bestand erhalten und in ihrer Vielfalt und Schönheit erlebbar. Die Ausstellung vermittelt Einblicke in ihre Entstehungsgeschichte, Gestaltungsweise und in das Wirken der Gartendenkmalpflege, das die Voraussetzung zum Erhalt dieser wertvollen Kulturgüter bildet.
Elf Gartenparadiese stehen im Mittelpunkt der Ausstellung. Die Gartenkultur besaß einen hohen Stellenwert. Die ausgewählten Beispiele repräsentieren die Gartenkunst in Thüringen von der Renaissance, etwas im Schlossgarten von Schloss Wilhelmsburg in Schmalkalden über barocke Gestaltungen, beispielsweise in der Orangerie von Schloss Friedenstein, im Orangerieparterre von Schloss Schwarzburg oder im Schlosspark Molsdorf. In letzterem lässt sich auch der Übergang zu Landschaftsgärten und -parks ablesen. Solche Parkanlagen sind in beeindruckender Weise im Herzoglichen Park Gotha, im Fürstlich Greizer Park und dem größten Thüringens, dem Schlosspark Altenstein in Bad Liebenstein erhalten geblieben. Sie gehörten zum höfischen Erbe der Residenzkultur. Im Laufe des 18. und 19. Jahrhunderts wuchs das Interesse an Gartenkunst und Botanik auch bei den Bürgern. Der Garten am Kirms-Krackow-Haus veranschaulicht diese Entwicklung. Hier entstand ab 1750 ein privates Paradies mit reichem Blumenschmuck und vielfältigen Obstsorten.
Auch die Peterskirche besaß ein Paradies. Als „paradiso“ wurde in den lateinischen Quellen die einst vorhandene Vorkirche bezeichnet, durch die man im Mittelalter in die Kirche gelangte. Die Peterskirche ist nicht nur Ausstellungsgebäude, sondern in ihrer hohen künstlerischen Qualität und kulturhistorischen Bedeutung auch ein Hauptexponat der Ausstellung. Auf ihre Geschichte, ihre Architektur, die wertvollen Wandmalereien und die Sanierung wird in der Ausstellung eingegangen. Die Architektur der Peterskirche umschließt die in der Ausstellung präsentierten Gärten wie die Einfriedung eines Gartens. Daraus erschließt sich das Leitbild der Ausstellung: der Hortus conclusus (lat. geschlossener Garten).