Das Wappen der Pfalzgrafschaft Thüringen wurde erst im 14. Jahrhundert geschaffen. Erstmals setzte es Kurfürst Ernst (1441-1486), der Begründer der ernestinischen Linie, in das große sächsische Wappen, wo es mit elf weiteren Wappen zu den wichtigsten gehört. Es zeigt einen goldenen Adler auf schwarzem Grund. Der gekrönte Helm trägt ein Paar goldener Büffelhörner. Die Helmdecken sind schwarz-golden. Der Gothaer Wappenstein wurde bei einer Restaurierung in den 80er Jahren des 20. Jahrhunderts farbig gefasst.

Die Pfalzgrafschaft Thüringen ist eigentlich der südliche Teil der Pfalzgrafschaft Sachsen. Die Wettiner unter Heinrich dem Erlauchten übernahmen die Pfalzgrafschaft Sachsen mit der Landgrafschaft Thüringen nach dem Tode Heinrich Raspes im Jahre 1247. Markgraf Albrecht II. (1240-1314), der Entartete, verkaufte deren nördlichen Teil jedoch 1291 an den Markgrafen von Brandenburg. Die verbliebene südliche Hälfte wurde nun als Pfalzgrafschaft Thüringen bezeichnet. Auch nachdem 1347 ein Großteil der verkauften Pfalzgrafschaft Sachsen durch Markgraf Friedrich den Freidigen für die Wettiner wiedergewonnen werden konnte, blieb die Bezeichnung Pfalzgrafschaft Thüringen für den südlichen Teil. Räumlich ist das Gebiet der Pfalzgrafschaft nicht eingrenzbar. Offensichtlich handelte es sich auch mehr um den Titel „Pfalzgraf“, den die Wettiner nach dem Verkauf der Pfalzgrafschaft Sachsen nicht verlieren wollten, gehörten sie damit ja zum Reichsfürstenstand.

Einige Historiker siedeln die Pfalzgrafschaft Thüringen am Unterlauf der Unstrut mit dem Zentrum Freyburg im heutigen Sachsen-Anhalt an, da der repräsentative Ausbau der Neuenburg ab 1180 mit der Belehnung der Ludowinger mit der Pfalzgrafschaft Sachsen in Verbindung gebracht wird. Die oberhalb der Stadt liegende Neuenburg war die größte der ludowingischen Burgen und besitzt noch heute eine beträchtliche Bausubstanz aus der Zeit zwischen 1180 und 1225, unter anderem die prächtige Doppelkapelle und den bewohnbaren Bergfried „Dicker Wilhelm“. Ein prägender Umbau der Burg erfolgte zwischen 1440 und 1465 unter dem Wettiner Wilhelm III. (1425-1482), Markgraf von Meißen und Landgraf von Thüringen, der als letzter Wettiner seinen Namen an die Genealogie der Ludowinger anschloss. Bei der wettinischen Teilung von 1485 wurde das Amt Freyburg albertinisch. Von 1656 bis 1746 war es Teil des Herzogtums Sachsen-Weißenfels. Nachdem es seit dem Wiener Kongress von 1815 Bestandteil der preußischen Provinz Sachsen geworden war, wurde das Amt 1821 aufgelöst und in den Landkreis Naumburg, den heutigen Burgenlandkreis, integriert.